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本遗址为1912年11月19日由山田金治发现，1930年宫本延人进行调查而确认。确认遗址後的次年（1931年），台北帝国大学的宫本延人、移川子之藏及宫原敦至此进行发掘，这也是台湾考古学史上第一次的遗址正式发掘工作。当时发现了33座墓葬（其中28座为石板棺），同时也出土了陶器、石器、贝器及动物骨骼遗留等，由於遗留丰富、重要性高，1935年为台湾总督府指定为政府保护遗址。国内学者的研究则由1953年国立台湾大学考古人类学系的石璋如、宋文薰进行调查开始。1977年6到7月间，同样来自台大的李光周进行了到当时为止最具规划性的发掘工作；20天的发掘历程中，出土了高达47,918片陶片，各类石质、贝质等遗物数十类，该次的研究成果为现今对台湾南端史前史的了解奠定了基础，使恒春半岛成为目前台湾考古学了解最深、讨论最丰富的地区之一。
垦丁遗址的遗物类别，大致可分为三个领域：「陶器」含陶容器碎片、陶纺轮、陶环等，「石器」含石锄、石锛、石凿、靴形石刀、石刀、砝码型网坠、两缢型网坠、石子器、凹石、石镞、石钻、石锥、石制铃形颈饰、石制册形颈饰、石杵、砥石、石砧、制陶托石、残件、废石片制石器、石料等，「贝器及骨角器」含螺盖制刮器、贝环、贝珠、贝制颈饰、圆板形贝核、贝器残件、加工过贝料、骨镞、骨刀、骨器残件、加工过骨料、骨制颈饰等。另有遗迹与现象，如石棺墓葬、红烧石、木炭，并有人骨、兽骨以及大量的贝壳等。
垦丁遗址的年代（碳十四）测定结果为3985±145B.P.。文化归属上，李光周将其称为「垦丁史前文化相」，为他对垦丁国家公园区内所定七个文化层次的第二层，特点在於陶器主流为绳纹红陶。它的文化内涵可视为新石器时代早期的农渔业多类资源的发展结果，与其他区域的绳纹红陶文化也可能有往来交流。
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